Miljö, natur- och kulturvård och resurshushållning är ämnens som är högt prioriterade av ägare och förvaltare av Stenhammar. Några exempel på det är det ekologiska jordbruket samt det certifierade skogsbruket. Befintliga åkrar och tidigare oanvänd åkermark nyttjas för ekologisk produktion av vall till foder. Kemikalier eller konstgödning används inte i växtodlingen.
Stallgödseln hanteras med modern teknik. Den pumpas direkt från stallarna till uppsamlingsbehållare. Stallgödseln används senare som naturligt näringstillskott och för markförbättring. Vid spridning används skonsam teknik och snabb nedmyllning. Miljöhänsyn tas alltid vid spridning nära vatten, tomter, allmänna platser etc. genom väl tilltagna kantzoner.
Natur- och kulturvård bedrivs genom anläggande av viltvatten, slyröjning, nötkreaturens bete i hagar och på betesmarker och genom underhåll av gårdens många byggnader och kulturlämningar.
Så lång som möjligt drivs verksamheten på ett resursbesparande och miljövänligt sätt.